La violencia y las operaciones militares han sido considerados incompatibles con el papel del tennō al menos durante 14 siglos: por ello los monarcas japoneses no han actuado como comandantes militares, al contrario de lo habitual en Occidente.
Ciertos datos y fechas referentes a la institución imperial son objeto de discusión entre los historiadores japoneses.
Otros fueron eclipsados por sus predecesores, los cuales se habían retirado aparentemente a un monasterio pero continuaron ejerciendo su influencia, en un proceso llamado "reinado enclaustrado".
Otros ejemplos, como la rebelión del emperador Go-Toba en 1221 contra el Shogunato Kamakura, o la Restauración Kenmu en 1336 bajo el emperador Go-Daigo, muestran claramente la lucha de poder que ha tenido lugar entre la Casa Imperial y los gobiernos militares en Japón.
No es sino hasta los siglos recientes que Japón incorpora diversas zonas remotas de su territorio actual.
Realmente, el Gobierno centralizado comenzó a aparecer poco antes de la época del príncipe Shotoku.
En Japón siempre ha sido fácil para los señores ambiciosos mantener su poder, dado que dicha posición no era en absoluto contradictoria con la del emperador.
Históricamente, los títulos del tennō en japonés nunca incluyeron designaciones territoriales como sí sucedía con los monarcas europeos.
Cuando los exploradores portugueses llegaron por primera vez a Japón (ver “período Nanban”), consideraron la relación entre el emperador y los shogunes como la del papa (de raigambre divina, pero con poco poder político) y el rey (terrenal, pero con un amplio poder político), aunque esto es en cierto punto inexacto, ya que, como el emperador, los papas han manejado distintos grados de poder a lo largo de la historia.
El mismo emperador estaba fuera de la vista, sin embargo, y su rol durante este período es discutido.
Sin embargo, durante su reinado, nunca se le llamó Hirohito o Shōwa Tennō en japonés.
Así, era significativo qué familias tenían oportunidades preferenciales de proveer esposas jefe a los príncipes imperiales, esto es, dar futuras emperatrices.
(Originalmente, los Fujiwara eran descendientes de una nobleza relativamente menor, así su kami es difícilmente reconocible en la mitología japonesa.)
La realidad tras esos matrimonios era la alianza entre un príncipe imperial y un Señor Fujiwara, su suegro o abuelo, este último con sus recursos apoyando el ascenso del príncipe al trono y más a menudo controlando el gobierno.
Estos arreglos crearon la tradición de los regentes (Sessho y Kampaku), cuyo puesto podía ser utilizado solo por un señor sekke Fujiwara.
Anteriormente los emperadores se casaban con mujeres de familias del clan gobernante Soga, y con mujeres de la misma familia imperial, ya sea con primas en variados grados y a menudo con sus hermanas (medias hermanas).
Rara vez un príncipe sin una madre proveniente de estas familias era autorizado para ascender al trono.
Las mujeres Fujiwara eran a menudo emperatrices, y las concubinas provenían de familias nobles menos importantes.
Hace milenios, la familia imperial japonesa creó su propio y particular sistema de sucesión hereditaria.
La primogenitura patrilineal estricta es, no obstante, directamente contradictoria con muchas antiguas tradiciones japonesas sobre la sucesión imperial.
- La abdicación era común, y de hecho se dio mucho más que la muerte en el trono.
- La primogenitura no era usada – al contrario, en la época temprana, la casa imperial practicó un sistema parecido a la rotación.
Durante los últimos 500 años, sin embargo, debido probablemente a la influencia del confucianismo, la sucesión por parte de los hijos –no siempre, aunque más comúnmente, el hijo de más edad que sobrevivía al emperador- ha sido la norma.
Históricamente, la sucesión al Trono del Crisantemo japonés ha pasado siempre por línea masculina el linaje imperial.
Hace unos mil años, comenzó la tradición de que el emperador debe ascender al poder relativamente joven.
Las hijas y nietas imperiales, sin embargo, usualmente ascendían al trono como una suerte de “medida de intervalo” – si un hombre apto no estaba disponible o algunas ramas imperiales estaban en conflicto, por lo que se necesitaba un compromiso.
Esta ley, promulgada el mismo día que la Constitución Meiji, gozaba de igual estatus con aquella.
Un cambio a esta ley ha sido considerado desde 2005 dado que el actual Emperador Naruhito es padre solo de una niña.
Hay una potencial crisis sucesoria dado que no han nacido niños varones en la familia imperial desde el Príncipe Akishino en 1965.
Sin embargo, poco después del anuncio de que la princesa Kiko estaba embarazada por tercera vez, Koizumi suspendió estos planes.