La iniciación como ermitaño la comenzó con otro eremita llamado Félix, del que se dice fue "varón santísimo" y con quien estaría tres años en los Riscos de Bilibio próximos a Haro.Después marchó a refugiarse en los montes Distercios o Cogollanos, rincón escondido en el que levantaría altares y donde vivió 40 años en soledad.Rápidamente se le unieron otros clérigos: Aselo, Cotonato, Geroncio, Sofronio, etc., incluso una mujer llamada Potamia, venida de Narbona.Cerca del año 550, siendo rey Agila I, excavaron nuevas cuevas, colocadas en dos pisos que estaban unidos por un pozo, donde habitaba Millán.Su sepulcro se convirtió en lugar de peregrinaje al que acudían condes y reyes castellanos para encomendar sus batallas contra los musulmanes.Según la tradición, Santiago Apóstol acompaña a San Millán y ambos se aparecen en mitad del combate en defensa de los cristianos.Fernán González favorecerá enormemente al monasterio de San Millán con privilegios y donaciones.En el siglo XVII, al desarrollarse un amplio debate sobre patronos, San Millán volverá a ser reclamado como patrón de Castilla y por lo mismo copatrón de España junto a Santiago, patronazgo que se mantuvo en los misales hasta la reforma litúrgica del concilio Vaticano II.La iconografía de San Millán es muy rica, ya que puede aparecer como pastor, ermitaño, monje benedictino o sacerdote diocesano.
