San José está ubicado por encima de varios valles y cuencas fluviales, e incluso hay ríos, como el Coatán y el Cuilco, que tienen afluentes principales que nacen en San José.
El poblado fue fundado originalmente en la ubicación de la moderna aldea Ojetenam; sin embargo, por sufrir deslaves continuamente, los habitantes se trasladaron al lugar que ocupa actualmente.
La cabecera municipal de San José Ojetenam tiene clima templado (Köppen: Cwb).
[7] El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.
Los alcaldes auxiliares son elegidos por las comunidades de acuerdo a sus principios, valores, procedimientos y tradiciones, estos se reúnen con el alcalde municipal el primer domingo de cada mes.
Por esta razón, el municipio fue anexado a Ixchiguán con el nombre de «aldea Ojetenam».