Durante la época colonial fue una doctrina del convento mercedario de Tejutla, hasta que los frailes mercedarios tuvieron que entregar sus reducciones al clero secular en 1754, y entonces la doctrina se convirtió en un curato.

Poco después, en 1765, Sipacapa fue destruido por una fuerte erupción del volcán Cerro Quemado.

Pinturas Rupestres ubicadas en Aldea Pie de la cuesta en sector los Hernández Una versión coloquial muy extendida entre sus habitantes es que el municipio adoptó el topónimo «Sipacapa» en honor al nombre de la antigua gobernante llamada «Sipaca».

[8]​ El poblado se llamó «San Bartolomé» en honor a San Bartolomé Apóstol, mientras que el topónimo «Sipacapa» se deviraría del término «Sipaktlypan» de origen náhuatl, el cual a su vez proviene de los términos Sipaklli (español: el primer día de los meses en el calendario azteca) y «apant»: (español: «río»).

[cita requerida] Otra versión es que el topónimo proviene del k'ach'iquel, específicamente de los términos «Sipak» (español: «Tiburón») y «apan» (español: «río»), y significaría «Río de Tiburones».

[17]​ En 1765 se publicaron las reformas borbónicas de la Corona española, que pretendían recuperar el poder real sobre las colonias y aumentar la recaudación fiscal.

La real hacienda subastaba el estanco anualmente y un particular lo compraba, convirtiéndose así en el dueño del monopolio de cierto producto.

Esta disputa ha sido documentada en la producción documental Sipakapa No Se Vende.