De esta forma, Turquía aunque dice ser un estado laico, la aplicación del laicismo en las escuelas públicas es polémica.Turquía acusa a sus oponentes en la Unión Europea de favorecer un "club cristiano".Aunque el gobierno turco declara al 99% de la población como musulmana, los investigadores académicos y las encuestas entregan diferentes resultados acerca del porcentaje de musulmanes y que usualmente dan cifras más bajas, pero la mayoría están alrededor del 90%.En la encuesta más reciente llevada a cabo por la Sabancı University, el 98,3% se declaró como musulmán.[16] Actualmente, existen miles de mezquitas históricas en todo el país que aún están activas.[18] Sin embargo, el gobierno turco no reconoce el estado ecuménico del Patriarca Bartolomé I.[23] La fuerte tradición del secularismo en Turquía esencialmente es similar al modelo francés de laicismo.[24] La constitución reconoce la libertad de culto para los individuos, mientras que las comunidades religiosas están colocadas bajo la protección y jurisdicción del estado y no se pueden involucrar en el proceso político (por ejemplo, formando un partido político religioso) o estableciendo escuelas basadas en su fe.Sin embargo, Turquía no es un estado estrictamente secular: La religión es mencionada en los documentos de identidad y existe una administración llamada "Presidencia de Asuntos Religiosos" o Diyanet[28] que explota al islam para legitimar algunas veces al Estado y administra 77.500 mezquitas.Esta agencia estatal, establecida por Ataturk (en el año 1924), financia únicamente la rama sunita del islamismo.En la práctica, Turquía solo reconoce las minorías religiosas griegas, armenias y judías sin garantizarles a ellos los derechos mencionados en el Tratado de Lausana.Los musulmanes alevís Bektashi, Câferî,[30] los católicos latinos y los protestantes no son reconocidos oficialmente.El consejo administrativo es criticado por los musulmanes alevís por no apoyar sus creencias y por favorecer la fe sunita.Adicionalmente, los primeros siete concilios ecuménicos que definen el cristianismo para los cristianos de la Iglesia ortodoxa y la Iglesia católica ocurrieron en el territorio de lo que hoy en día es Turquía.El informe del año 2009 de la Comisión Estadounidense para la Libertad Religiosa Internacional coloco a Turquía en su lista de vigilancia junto a países como Afganistán, Cuba, la Federación Rusa y Venezuela.[cita requerida] Los católicos algunas veces también han sido sujeto de ataques sociales violentos.En febrero de 2006, un sacerdote católico italiano fue muerto por un disparo en su iglesia en Trabzon, según se informó este fue realizado por un joven furioso por las caricaturas del profeta musulmán en periódicos daneses.El primer ministro Erdoğan y otros miembros del gobierno condenaron fuertemente el asesinato.Los católicos también han sido objeto de confiscaciones a sus propiedades por parte del gobierno.
