En cambio, Lorca acabó firmando un pacto con los sitiadores que replicaba lo acordado en Alcaraz.En 1244 se firmaría el Tratado de Almizra entre Castilla y Aragón, que definiría la frontera murciana con el Reino de Valencia y por el que Villena pasaría a manos castellanas.Aunque según las condiciones del tratado de Almizra, este sería devuelto a Castilla.Jaime II tomó posteriormente Guardamar con el apoyo de la flota, negoció con Don Juan Manuel en Elche, prosiguiendo hacia Orihuela y Murcia, que capitularon, igual que el resto de la huerta murciana.Sin embargo, estas comarcas continuarían perteneciendo a la diócesis de Cartagena hasta el siglo XVI.Las localidades de Jumilla, Abanilla, Villena y Sax; que en un principio también pasaron a Aragón, acabaron regresando al Reino de Murcia a lo largo del siglo XIV.Durante gran parte del siglo XIV y la primera mitad del siglo XV el Reino de Murcia vivió una profunda crisis que quedó reflejada en su economía y demografía, motivada no solo por las epidemias, como la peste que apareció en diversos momentos, sino por las continuas incursiones de tropas musulmanas provenientes del Reino de Granada que crearon una profunda inseguridad en todo el reino y favorecieron una importante despoblación.Todo comenzó cuando en 1314, las localidades en aquel momento murcianas de Huéscar, Orce y Galera cayeron en poder de los musulmanes granadinos, generando un peligro bélico omnipresente en todo el reino.[13] Numerosas villas y aldeas desaparecieron para nunca más resurgir, como las cristianas Chuecos, Ugíjar, Puentes o Felí, o las mudéjares Ascoy, Celda, Calentín, Gañuelas y Caristón.Con la muerte de Don Juan Manuel, le sucedió en el cargo Fernando Manuel, y tras el fallecimiento de este su pequeña hija, Blanca Manuel, algo que fue aprovechado por Pedro I para recuperar el control sobre el Reino de Murcia y las extensas tierras del Señorío de Villena, secuestrando a Blanca Manuel e imponiendo a linajes fieles en el adelantamiento.A comienzos del siglo XV, la crisis sucesoria que se vivía en Granada y la pacificación conseguida en el reino murciano por el adelantado Alfonso Yáñez Fajardo II permitieron iniciar un inédito periodo de acoso cristiano contra las poblaciones granadinas que dio excelentes resultados.Ante la debilidad de la monarquía, en la época final de la Edad Media, el Reino sufrió múltiples incidentes y banderías que enfrentaron a las diferentes familias nobiliarias y al patriarcado urbano.Fueron los Reyes Católicos quienes lograron poner fin a esta inestabilidad y restablecer el orden social.Una vez conquistada esta área, muchos murcianos repoblaron tierras granadinas como el valle del Almanzora y la comarca de Los Vélez.[18] Tras la derrota comunera en Villalar, el adelantado murciano Pedro Fajardo y Chacón, que había contado con una actitud ambivalente en el conflicto, con un ejército formado por habitantes de diferentes ciudades y villas murcianas, venció a los agermanados valencianos en la Batalla de Orihuela de 1521, consiguiendo en consecuencia el perdón real.Durante el siglo XVI la población del Reino de Murcia aumentó en un 40 %.La Comarca del Noroeste vivió el proceso más ascendente, de hecho Caravaca llegó a convertirse en la tercera más populosa al alcanzar los 7000 habitantes, superando a Albacete que rozaba los 6000.[22] La población morisca estaba por lo general bien integrada en el Reino de Murcia, sin embargo, la política anti-morisca diseñada en la lejana Corte se mostró indiferente a la realidad murciana y decretó la expulsión a finales de 1611.Un grupo de la nobleza murciana contrario a la misma intentó influir en la Corte, sin demasiado éxito.A partir de aquí dio comienzo la denominada Región Murciana biprovincial, que duraría hasta 1982.Con el reinado de Ibn Hud, llegaron a alcanzar Almería, Málaga, Ceuta y La Mancha.[25] La primera bandera del Reino de Murcia existió durante el reinado de Alfonso X, y consistía en cinco coronas sobre fondo carmesí, con flechos a la derecha.[26] Dos meses después el mismo rey señaló un cambio en la bandera, que pasaría a tener leones y castillos, afianzando simbólicamente con ello la pertenencia del Reino de Murcia a la Corona de Castilla.
