La capilla se construyó sobre otra anterior de factura gótica propiedad del suegro de Juan Chacón, que fue derribada por éste para construir la actual.
La obra fue finalizada por su hijo, fruto de su matrimonio con Luisa Fajardo, Pedro Fajardo y Chacón, una de las grandes figuras que posibilitaron la introducción del Renacimiento y el Humanismo en el levante y sur de la península.
En su decoración podemos destacar elementos románicos, góticos, mudéjares y retazos del próximo Renacimiento, todo perfectamente armonizado en un avance lo que sería el estilo plateresco.
También podemos encontrar una simbología escultórica que denotan claramente el linaje y el poder adquirido por la familia Fajardo.
Este hecho influyó directamente en otros personajes posteriores en sus intenciones de no ser menos que los Fajardo; es el caso del arcediano Junterón que aclaró que su capilla debía sobresalir y ser tan espléndida como la de los Vélez.