Se desempeñó como coordinador de Asuntos Jurídicos del recién fundado Consejo Nacional para la Cultura y las Artes, en 1989.
Fue el segundo presidente del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes (Conaculta) de 1992 a 2000, y fue nombrado a continuación embajador de México en Italia, del 2001 al 2007.
[11] En medios audiovisuales, se iniciaron en 1993 las transmisiones del Canal 22 de televisión abierta.
[13] Durante este periodo se creó, conjuntamente con países como España y diversos de América Latina, el programa Ibermedia[14] en 1999, para desarrollar proyectos cinematográficos de excelencia.
Asimismo, se integró al sector cultural la Cineteca Nacional, a la que se destinaron recursos para proteger sus acervos y ampliar y renovar sus instalaciones.
Al frente del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes, Rafael Tovar estableció como objetivos centrales: asumir una política cultural del gobierno mexicano, encaminada a preservar de forma integral el patrimonio cultural mexicano, a apoyar las culturas populares y urbanas, en sus diversas manifestaciones artísticas y culturales, a estimular la creación, desarrollo y difusión, así como a la educación artística e investigación cultural, a fomentar la lectura y los medios de comunicación e industrias creativas, a realizar programas culturales para públicos infantiles y juveniles, así como promover la cooperación cultural internacional, entre otras tareas.
[22] Se realizaron en México exposiciones internacionales como Miguel Ángel Buonarroti: Un artista entre dos mundos; Leonardo Da Vinci y la idea de la belleza;[23] Yayoi Kusama.
Obsesión infinita[24] y; Leonardo, Rafael, Caravaggio: una muestra imposible,[25] entre otras.
El arte de México visitó diversos museos del mundo con muestras como: Mayas.
Se puso en marcha el Programa Cultura para la Armonía, en atención a las poblaciones más necesitadas en desarrollo cultural.