[1]​ Fue el virrey Antonio María de Bucareli y Ursúa quien encargó al ingeniero militar Miguel Constanzó, comenta el historiador Óscar Grajales López que por esta razón el edificio tiene el aspecto de una fortaleza, la elaboración del proyecto, no obstante fue realmente Miguel Mascaró quien lo llevó a cabo en 1788.

En 1815 José María Morelos, antes de ser fusilado en Ecatepec, pasó sus últimos días como prisionero en el lugar.

La Ciudadela se siguió utilizando como depósito de armas, prisión y cuartel hasta mediados del siglo XX.

Victoriano Huerta, cómplice de Díaz, fingió sitiar La Ciudadela engañando así al presidente Francisco I. Madero.

En el año 2000 el presidente Ernesto Zedillo le cambió el nombre a Biblioteca de México “José Vasconcelos”.