Actualmente se desempeña como técnico auxiliar de la Selección Mexicana.Es el tercer futbolista con mayor cantidad de representaciones internacionales con 148, en Mundiales ostenta el récord compartido de cinco ediciones disputadas, todas como capitán, y es el mexicano con más partidos disputados con diecinueve.Compuesto por un grupo mayoritariamente joven conocido como "los niños héroes", lograron llegar a la final en contra del Toluca.[13] Tras una dura primera temporada, debido a las lesiones, en la que disputó solo 21 encuentros, a partir de 2004 se volvió titular del equipo y consiguió su primer título con el club, la Liga española 2004-05.Esa temporada ganaría también la Liga española y la Copa del Rey, consiguiendo el triplete.[18] Antes de su salida del Barça en verano de 2010, tras completar el "sextete" y conseguir una nueva Liga española, Márquez acabó siendo el octavo extranjero con más partidos jugados con el club catalán (igualado con Rivaldo)[19][20] y el segundo extracomunitario que gana más títulos con la entidad azulgrana (solo por detrás de Hristo Stoichkov).Estuvo siete temporadas en el Barcelona y decidió buscar nuevos retos pese a que tenía contrato en vigor.[24] Debutó en la MLS el 8 de agosto con un empate ante Chicago Fire y marcó su primer gol el 21 del mismo mes en un triunfo por 4-1 ante el Toronto FC.En diciembre de 2012, Márquez rescindió su contrato con los New York Red Bulls.[27] El 5 de enero del siguiente año debuta con los panzas verdes en el empate a 2 goles frente a la escuadra del Querétaro, misma que terminó esa temporada perdiendo la categoría de primera división.Sin embargo, en ese verano, participó en la Copa Mundial de la FIFA Rusia 2018 con la Selección Mexicana.En agosto de 2020 fue presentado como nuevo entrenador del Cadete A del Real Alcalá ahí iniciaría su carrera como entrenador dirigiendo a un equipo juvenil.En octavos de final derrotaron a Argentina (4:1) y fueron eliminados en cuartos por Japón (2:0).En marzo de 2011 se convirtió en el octavo jugador que llega a los 100 partidos con la selección absoluta mexicana.Disputó cuatro encuentros contra Croacia, Ecuador, Italia y Estados Unidos (en este último partido la escuadra de Javier Aguirre fue eliminada por un marcador adverso de 2-0 y Márquez fue expulsado por un cabezazo a Cobi Jones).Disputó los cuatro encuentros contra Irán, Angola, Portugal y Argentina, anotó un gol a Argentina, siendo unos de los jugadores más sobresalientes del conjunto mexicano, repitiendo la capitanía de su seleccionado durante los cuatro encuentros que disputó en la Copa.[43] Disputó los 4 encuentros del mundial, contra Sudáfrica, Francia (donde dio una asistencia de gol a Javier Hernández), Uruguay y Argentina, siendo eliminado por este último por 3-1.
Rafael Márquez portando el brazalete de capitán en un partido del Barcelona.
