Con relación a la vacancia por la causal de «permanente incapacidad moral o física», en el año 2000 no existía una norma dictada por el Congreso que estableciera un procedimiento a seguir en caso se decidiera activar esta cláusula constitucional.
En tal sentido, al no existir parámetros legales a los cuales sujetarse, el Congreso asumió que para la declaración de vacancia presidencial bastaba con aprobar tal decisión por mayoría simple.
Fue recién en el año 2003 que una sentencia del Tribunal Constitucional (Sentencia N° 0006-2003-AI/TC)[2] advirtió el vacío legal existente y fijó como criterio que en adelante la destitución del presidente de la república sólo podría ser aprobada con una votación calificada de cuando menos los dos tercios del número legal de congresistas, exhortando al Congreso a legislar sobre la materia.
[3] En atención a ello, mediante Resolución Legislativa del Congreso N° 030-2003-CR se dictó por fin la normativa en cuestión.
Producida esta, que tuvo lugar en mayo, resultó ampliamente elegido Alberto Fujimori y la opción alentada y respaldada por Toledo del voto en blanco alcanzó la nada despreciable cifra del 17% de los sufragios.
Se especuló que el gobierno había ordenado iniciar el incendio, ya que las instalaciones se desplomaron por completo a pesar de ser de material noble, y en los enfrentamientos entre los vehículos policiales y los manifestantes no se dio la magnitud destructiva necesaria como para destruir un edificio al punto que quedó el del Banco de la Nación.
Fujimori cesó a Montesinos de su cargo formal como asesor, agradeciéndole por los servicios prestados, en un acto que provocó indignación en muchos ciudadanos.
Además Fujimori entregó personalmente 15 millones de dólares en efectivo a Montesinos como indemnización.
Poco después, Montesinos viajó a Panamá buscando asilo político, que nunca fue concedido.
Al finalizar esta conferencia, se tenía previsto su paso por Kuala Lumpur para luego llegar a Tokio y desde allí emprender un viaje a Panamá para la X Cumbre Iberoamericana; sin embargo Fujimori se quedó en la capital del Japón.
En la ciudad nipona Fujimori se hospedó en el lujoso hotel New Otani, además declaró a la Agence France-Presse que "no quiere ser un factor de perturbación" en el Perú.