Paralelamente Max Uhle, en su teoría inmigracionista propuso que el hombre chavín provino de las protoculturas Chimú y Nazca, que a su vez serían derivadas de la cultura Maya.
La dominación incaica se produjo entre 1450 y 1470 aproximadamente, durante el gobierno del Inca Pachacútec.
Los señoríos de huaylas y conchucos fueron incorporados al Tawantinsuyo tras una feroz invasión por parte del general Cápac Yupanqui, hermano de Pachacútec, y el auqui heredero Amaru Inca Yupanqui, quienes se vieron obligados a replegarse y construir el tambo de Maraycalle en Yauya.
Según el historiador Saúl Espinoza Milla, el proceso de dominación incaico fue incompleto, pues, para cuando los españoles llegaron a esta región, el proceso de adaptación a la cultura inca todavía era resistido.
[4] En 1561, los frailes Agustinos se establecieron construyendo una capilla en honor a san Juan Bautista de Pomabamba.