Fue fundada por Federico Borromeo en el año 1618 en la Biblioteca Ambrosiana, instituida ya en el 1609.
La institución nació para asegurar una formación cultural gratuita a cualquiera que tuviera cualidades artística o intelectuales.
La Biblioteca Ambrosiana y la Pinacoteca están estrechamente relacionadas.
El primer director de la Academia es Giovanni Battista Crespi y cuenta entre sus alumnos más ilustres a Daniele Crespi, Giulio Cesare Procaccini y El Morazzone.
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