Pero Afán de Ribera y Gómez había nacido en Castilla en 1492.
En 1559 se hallaba otra vez en Trujillo, que ese año fue atacada por corsarios franceses.
Se trasladó por tierra desde Honduras a Costa Rica, a donde llegó en 1568 con su esposa, sus hijos Diego López de Ribera, Pero Afán de Ribera y Paz y Ruy (Rodrigo) López de Ribera, dos nietos, unos cuarenta soldados y cuatrocientas reses.
En los días siguientes se efectuaron correrías a varios de los pueblos sublevados y se logró someterlos de nuevo a la autoridad española.
En el reparto atribuyó a la Corona la encomienda sobre algunos importantes reinos indígenas, como Quepo y Pacaca, pero la distribución que hizo fue objeto de acerbas críticas, ya que dejó de lado a conquistadores que tenían varios años de estar en la provincia para favorecer a quienes habían venido con él, y además dio a su hijo Diego López de Ribera la encomienda sobre el numeroso pueblo de los Cotos o Coctus.
A su regreso a Cartago, decidió, a petición de los vecinos, trasladar la ciudad del valle del Guarco al sitio denominado Matarredonda, al parecer en el asiento de la actual San José.
El historiador costarricense Ricardo Fernández Peralta publicó una biografía suya con el título de Reinado de Felipe II.