Ortún de Velasco partió de Guatemala llevando consigo muchos hombres y gran cantidad de ganados, municiones y bastimentos, todo a su propia costa, lo cual le hizo endeudarse abrumadoramente.
Velasco tuvo que dejar la gobernación y emprender el regreso a Santiago de Guatemala y quedó prácticamente arruinado, debido a los cuantiosos gastos en que había incurrido para su expedición a Costa Rica.
Obtenida la licencia, partió de Guatemala a México, donde pensaba embarcarse, pero en Tabasco, en un río muy crecido, la canoa en que viajaba zozobró y perdió todos sus documentos, por lo que no pudo efectuar el viaje.
Se trasladó entonces a la Ciudad de México, donde en 1573 hizo levantar ante la Real Audiencia de México una información sobre sus méritos y servicios, con el propósito de que se le pagaran los salarios que debía haber percibido por su gobierno en Costa Rica y se le nombrara para algunas de las gobernaciones de Nueva España o en otro cargo.
ES.41091.AGI/23.10.212//MEXICO,212,N.42, en http://pares.mcu.es/ PERALTA, Manuel María de, Costa Rica, Nicaragua y Panamá en el siglo XVI, su historia y sus límites, Madrid, Librería de M. Murillo, y París, Librería de J. I. Ferrer, 1a.