En sus primeros años en la América española estuvo en el Perú, Panamá, Guatemala y Nicaragua.

Llevó a cabo varias acciones de exploración y conquista, entre ellas el sometimiento del reino indígena de Pacaca, donde prendió al príncipe Quizarco, hermano del rey Coquiva, y una expedición a los dominios del rey Garabito, en el transcurso de la cual logró capturar a la esposa y a dos hijos de ese monarca.

En 1591 asumió nuevamente el mando, por haber concluido sus funciones el gobernador interino y juez de comisión Juan Velázquez Ramiro de Logrosán y no haberse nombrado aún su sucesor.

Los hijos fueron Inés Álvarez Pereira, casada con el capitán Bartolomé Sánchez; Juana, casada con el capitán Pedro de Arce, cirujano del adelantado de Costa Rica, Gonzalo Vázquez de Coronado, y Juan, casado en primeras nupcias con María Cano y Cordero y en segundas con una hija o nieta del conquistador Francisco Magariño.

Consta que de Inés y Juan quedó descendencia.