En la séptima sesión del concilio el Decreto sobre la jurisdicción de Jerusalén y Antioquía estableció:
En 637, después de un largo asedio a Jerusalén, el patriarca Sofronio entregó la ciudad al califa Úmar ibn al-Jattab, pero por un pacto se le reconoció los derechos de los cristianos a ser protegidos.
El califa fatimí al-Hákim bi-Amrillah ordenó la destrucción de la iglesia del Santo Sepulcro.
No obstante, cuando murió el patriarca de Sofronio I en 638, los árabes musulmanes no permitieron la elección de un nuevo patriarca hasta 692; entonces la Iglesia apostólica armenia, que no aceptó las resoluciones tomadas en Calcedonia, comenzó a nombrar a sus propios obispos para las necesidades de sus propios fieles; desde ese momento, Jerusalén cuenta con un patriarca armenio y otro griego.
La Iglesia católica continuó nombrando patriarcas latinos, aunque el titular de la sede residió en Roma hasta 1847, cuando las autoridades otomanas les permitieron regresar a Oriente Medio.