[3]​ En 2011 fue nombrado guardián del convento de los Santos Simeón y Ana en Jerusalén.

Desde el nombramiento del padre Pierbattista Pizzaballa como custodio en 2004, la Custodia comenzó a subsanar la lejanía que aún subsistía respecto de la sociedad israelí, ya que hasta entonces la mayoría de los frailes no hablaban el idioma hebreo.

Así, Pizzaballa prestó especial atención a la apertura de su comunidad a la sociedad en general, consciente del abismo cultural que separa ambas religiones.

Como ningún custodio antes que él, Pizzaballa ha tenido acceso a los ministros y altos funcionarios israelíes, desde el primer ministro al jefe de los Servicios de Seguridad General.

Ha impartido una motivadora conferencia pública en idioma hebreo en la Universidad de Tel Aviv, reflexionando sobre la Iglesia católica y la Shoah.

[4]​ Fray Pizzaballa se refirió a la Iglesia en Jerusalén en los siguientes términos: El 24 de junio de 2016 el papa Francisco aceptó la renuncia canónica del patriarca Mons.

Fouad Twal y designó a Fray Pizzaballa arzobispo titular de Verbe y administrador apostólico del Patriarcado Latino de Jerusalén.