Su temprana muerte por asesinato no supuso la interrupción de la actividad conquistadora de todo el territorio que hoy conforma esa extensa comarca, porque su legado quedó en las gentes de la vieja ciudad, quienes extendieron su cultura por todo lo que hoy se conoce como el oriente boliviano.
Dado que Ñuflo había optado por la milicia, buscó acomodo para embarcarse en alguna expedición.
En septiembre de 1548, por encargo de Irala, Chaves emprendió el largo camino hasta Lima con cuatro españoles, entre ellos el capitán Marcos Victoria, y cien indígenas aliados.
La ciudad no se fundó en este momento y Ñuflo de Chaves siguió hacia el norte, casi a la orilla del río Guaporé, donde se produjo un enfrentamiento entre españoles e indígenas.
Como los españoles establecidos en Perú ya habían explorado parte de aquella comarca, hasta allí llegó Andrés Manso para reclamar la pertenencia del territorio.
Como García estaba residenciado en Chile, de hecho el gobernador interino era Chaves, quien a su buen entender administraba y disponía, y con este acto, se creaba también una nueva provincia o gobernación.
Andrés Manso no se conformó con el dictamen, resistió las órdenes virreinales y fue enviado preso a La Plata de la Nueva Toledo.
Se asentaron en Santa Cruz de la Sierra durante año y medio, sumando población y provocando un desarrollo vertiginoso que llegó a casi 40 manzanas urbanizadas, convirtiéndola en la más importante de la región platense.
Volvió la expedición, pasando por Santa Cruz de la Sierra y Chaves se prestó a darles escolta.
Hecho y leído el frondoso reclamo, Ñuflo de Chaves intenta reflexionarlos así: Sobre lo cual, la mayoría insistió en el requerimiento y pidieron se retirase a tierra pacífica.
El General no cedió y en la mañana los esperó con espada al cinto, pero tampoco se opuso a que se retiren los que quisieran y, buscando a sus más leales para continuar.