Numéricamente fue el caza francés más importante durante las etapas iniciales de la Segunda Guerra Mundial.
Aunque robusto y altamente maniobrable, contaba con poca potencia y armamento débil en comparación con sus contemporáneos, siendo superado por el Messerschmitt Bf 109E durante la Batalla de Francia.
Dio a luz al Loire 250 , Dewoitine D.513 , Loire-Nieuport LN 161 , Morane-Saulnier MS.405 y Bloch MB.150 .
El avión representaba un enorme cambio para la empresa, siendo su primer monoplano de ala baja, así como con una cabina cerrada, y su primer diseño con tren de aterrizaje retráctil.
El armamento consistía en un cañón Hispano-Suiza HS.9 o HS.404 de 20 mm con 60 cartuchos instalado en la V del motor y disparando a través del buje de la hélice, y dos ametralladoras MAC 1934 (una en cada ala, con 300 proyectiles por arma).
Mientras que los 406 estaban entrando servicio, en 1939 se inició una serie de actualizaciones para mejorar el diseño.
El resultado fue el MS.410 , que incluía un ala más reforzada, un radiador fijo más simple en lugar del diseño retráctil anterior, se instalaron las ametralladoras MAC 34/ 1939 una variante de la MAC 34 alimentada por cintas de munición y eyectores de escape para el empuje adicional.
La producción acababa de empezar cuando Francia cayó, y solo se habían completado cinco ejemplares.
Más tarde se realizó otra modificación que llevó al MS.412 al instalar el motor de 783,0 kW (1050 CV) Hispano-Suiza 12Y-51, pero, no llegó a ser completado antes del armisticio.
La preproducción a cargo de la compañía Eidgenössisches Flugzeugwerk (EFW) comenzó con un lote de ocho aviones con motores construidos por Adolph Saurer AG e impulsado por la nueva hélice Escher-Wyss EW-V3 totalmente ajustable.
En 1942, se montaron otros dos con repuestos en principio reservados para la ejecución de producción original.
Estas modificaciones sirvieron para equipararse con la serie D-3801, haciéndolos idénticos, con la excepción de la instalación del motor.
Al final de la guerra los aviones restantes fueron utilizados como entrenadores, hasta que el último fue desguazado en 1954.
Después de ser retirados del servicio operacional como cazas cuando se adquirieron P-51 Mustang en 1948, el tipo quedó en servicio como entrenador y remolcador de blancos hasta su baja en 1959.
En 1943, los finlandeses recibieron una entrega adicional de 46 MS.406 y 11 MS.410 comprados a los alemanes.
Para aquellas fechas, los cazas estaban irremediablemente obsoletos, pero los finlandeses estaban tan necesitados por tener aviones útiles que decidieron iniciar un programa de modificación para convertir todos sus ejemplares a un nuevo estándar.
Propulsado con motores soviéticos capturados Klimov M-105 (desarrollo del M-100, versión con licencia del 12Y HS) de 820,3 kW (1100 CV) con una hélice de paso variable, el fuselaje requirió cierto refuerzo, y también se le dotó de una nueva y más aerodinámica cubierta del motor.
Sin embargo, las existencias del MG 151 eran limitadas, y a varios se les instaló la ametralladoras capturadas Berezin UB de 12,7 mm en su lugar.
Órdenes adicionales para Lituania y Polonia fueron canceladas con el estallido de la guerra.
El GC I/7 basado en Rayack, Siria y el EC 2/595 (9 aviones) basado Bach Mai, Tonkín , fueron las únicas unidades de primera línea que siguieron utilizando MS.406.
Esta victoria se "olvidó" oficialmente para evitar cualquier incidente diplomático importante con el Japón.