La mezquita, que lleva el nombre del conquistador otomano de la ciudad en 1449, formaba un complejo compuesto, entre otras cosas, por unos baños, un imaret y una madrasa.
[6] La mezquita Faik-Pasha se construyó probablemente en el emplazamiento de una iglesia bizantina dedicada a San Juan Bautista.
Se dice que Faik Pasha fue imán durante unos cuarenta años, hasta su muerte en 1499.
[15][16][12] Unos años más tarde, el lugar fue visitado por François Pouqueville, quien señaló la presencia de juncos persas, olivos, limoneros y naranjos,[17] mientras que en 1835 William Martin Leake lo describió como rico en avellanos.
[19] Tras la liberación de Arta, la mezquita se convirtió en una iglesia dedicada a San Juan el Ruso.
[25] En la fachada principal, al norte, hubo una vez un pórtico (revak), cuyos restos aún son visibles.