Continuó prestando servicios militares con los gobernadores Gorriti y Arenales, hasta pasar a retiro con el grado de capitán en 1825.
En 1826 organizó una expedición para explorar el río Bermejo y estudiar la posibilidad de su navegación.
Participó en política del lado de los federales, y apoyó al gobernador Pablo Latorre.
Esa censura lo puso en contacto con los unitarios, aunque por un tiempo se mantuvo alejado de la política.
En noviembre de 1838, tras la muerte del caudillo tucumano Alejandro Heredia, su hermano Felipe renunció a la gobernación salteña.
A pesar de que tenía en sus fuerzas algunos jefes militares más o menos capaces, como Manuel Puch y Mariano Acha, se puso al frente del ejército provincial y dirigió una campaña contra el caudillo santiagueño Ibarra, llevando a Acha como su segundo jefe.
Ibarra aplicó en su contra su táctica favorita: le dejó recorrer el territorio provincial a su antojo, pero retiró todo lo que pudiera utilizar como recurso o alimento.
Se dedicó especialmente a organizar los departamentos del interior, fundando las municipalidades de Orán y Metán.
Llegaría a ser gobernador diez años después del fallecimiento de su padre.