[Nota 2]​ En sus primeras décadas, el Liceo Guatemala se mantuvo como una institución educativa extremadamente elitista y únicamente para varones.

[1]​ Tras la Independencia de Centroamérica y la guerra civil centroamericana que le siguió, el resto de las órdenes regulares de la Iglesia Católica fue expulsado en 1829 por el general liberal Francisco Morazán, quien también expulsó al arzobispo Ramón Casaus y Torres aunque permitió que se quedaran los curas del clero secular a los que éste dirigía sin el beneficio del diezmo obligatorio.

[4]​ En 1840 fueron derrotados los liberales y el general Rafael Carrera, apoyado por los indígenas guatemaltecos y los pocos conservadores que apenas estaban retornando al país después de su expulsión, llegó al poder en el país.

[1]​ Tras la Reforma Liberal en 1871, nuevamente fueron expulsadas las órdenes regulares y se eliminó el diezmo obligatorio, lo que dejó a la Iglesia Católica en una posición precaria una vez más.

Pero la situación del colegio se agravó cuando a finales de la década de 1880, el presidente Manuel Lisandro Barillas Bercián expulsó al arzobispo Ricardo Casanova y Estrada y clausuró las actividades del colegio.

En 1926, cuando gobernaba el general Lázaro Chacón, se iniciaron esfuerzos para reformar la educación en Guatemala y se otorgaron becas para los mejores estudiantes de la Escuela Normal para Varones a modo de preparar a los docentes guatemaltecos con especialidades en el extranjero.

Entre los beneficiados con estas becas estuvieron Luis Martínez Mont y Juan José Arévalo Bermejo quienes regresarían a Guatemala a hacerse cargo de la educación secundaria y del gobierno, respectivamente.

[7]​ También hubo apertura para las órdenes regulares y se permitió el ingreso de algunas; en 1929 llegaron los salesianos a Guatemala, quienes se hicieron cargo del Colegio de Infantes por un tiempo, pero prefirieron atender obras propias como «La Santa Faz» -que luego se convertiría en el «Colegio Salesiano Don Bosco»- y la «Divina Providencia».

Además, al poco tiempo también fue designado el Hermano Antonio García como director de Primaria (1964).

En ese mismo año se dio la trágica muerte del Hermano Luis Pérez.

A los pocos días, el Hermano Miguel asumió, provisionalmente, la dirección de Primaria.

Ese mismo año se dio la trágica muerte del alumno Castillo Fernández en un accidente.

Cabe mencionar también que en la rama deportiva siempre existió la eterna y más conocida rivalidad colegial en el país con el colegio de los jesuitas, el Liceo Javier.

En el siglo xxi, la banda de guerra mantiene su presencia en diversos festivales de bandas organizados por diversas instituciones educativas y gubernamentales y ha logrado varias menciones honoríficas en distintos años.

Los estudiantes de los colegios iban a las regiones afectadas por la guerra civil que vivía el país a prestar esta ayuda; a raíz de esto, todos estos colegios enfrentaron problemas con los gobiernos de los generales Carlos Arana Osorio, Kjell Eugenio Laugerud García y Fernando Romeo Lucas García, ya que al ser instituciones católicas fueron acusados de impartir teorías marxistas en sus aulas.

[Nota 11]​ El colegio también se ha caracterizado a través de los años por su solidaridad con los más necesitados, colaborando ya sea con víveres, económicamente y causas nobles durante los desastres naturales en el país, o bien en eventos como la "Teletón".