[Nota 1]​[2]​ Los gobiernos revolucionarios de Juan José Arévalo y Jacobo Arbenz continuaron con esta política de los liberales con respecto a la iglesia y los jesuitas,[3]​ por lo que Toruño Lizarralde tuvo que inscribir al colegio inicialmente como «Liceo Francés, sección de varones.

[1]​ Tras el derrocamiento del coronel Jacobo Arbenz Guzmán en 1954 por el Movimiento de Liberación Nacional,[Nota 2]​ la Iglesia Católica recuperó parte del poder que había tenido durante el gobierno conservador del Rafael Carrera en el siglo xix[3]​ así pues, la educación religiosa privada tuvo un auge a partir de 1955, con la fundación de varios colegios elitistas para varones[Nota 3]​ los cuales absorvieron a los estudiantes de élite que anteriormente hubieran atendido clases en el Instituto Nacional Central para Varones o en la Escuela Normal para Varones.

[Nota 4]​[1]​ El problema de la distancia se hizo evidente: en esos años la Ciudad de Guatemala era pequeña y el colegio estaba en el kilómetro 8.5 carretera hacia Amatitlán, que en ese entonces era de un carril por lado, y no estaba asfaltada; para sobrellevar esta situación la familia Cofiño donó un bus al colegio.

[4]​ En los años '70 y principios de los '80, el Liceo Javier ayudó a muchos niños de escasos recursos, conjuntamente con los colegios Salesiano Don Bosco y Liceo Guatemala.

Los estudiantes de los colegios iban a las regiones afectadas por el Conflicto Armado Interno a prestar esta ayuda; a raíz de esto, todos estos colegios enfrentaron problemas con los gobiernos de los generales Carlos Arana Osorio, Kjell Eugenio Laugerud García y Fernando Romeo Lucas García, ya que al ser instituciones católicas fueron acusados de impartir teorías marxistas en sus aulas.