Con anterioridad a ese cargo, fue representante de la Organización Internacional para las Migraciones, OIM, en Panamá (1993-1995).

Ha tenido amplia experiencia en actividades académicas, asuntos multilaterales y temas de desarrollo, desde cargos que lo han vinculado a los procesos de paz centroamericanos y a la Integración Regional.

A lo largo de su trayectoria profesional e internacional, Stein ha jugado un papel central en Misiones de la OEA, frente a crisis políticas complejas, tal como fue el retorno a la estabilidad política y el ordenamiento democrático en Perú y Honduras, algo que refleja su capacidad para el manejo de tales situaciones.

Pérez Molina recordó que Eduardo Stein ha recibido múltiples reconocimientos por parte de instituciones académicas y organismos internacionales, y luego expresó que su liderazgo y alto reconocimiento internacional es una garantía para conducir la OEA, en un proceso de reforma que fortalezca su aporte estratégico al desarrollo, la democracia y los derechos humanos en el Continente Americano.

[4]​ En su carrera hacia la Secretaría General de la OEA, Eduardo Stein compitió contra el uruguayo Luis Almagro, quien era ministro de relaciones exteriores del presidente José Mujica,[5]​ y quien finalmente ganó la contienda.