Se empezó a construir en 1690, en una manzana distante apenas trescientos metros de la Catedral de San José, en un solar que había pertenecido a los descendientes del cronista Bernal Díaz del Castillo, prolongándose las obras durante ocho años.

[3]​ En cuanto a la iglesia, esta era pequeña, de adobe y techo rústico; sin embargo, a pesar de estar alejada del centro era reclamada por los vecinos para muchas celebraciones religiosas.

Con ese traslado, los jesuitas quedaron en una situación muy privilegiada frente a las demás órdenes que tenían edificaciones en la ciudad.

[3]​ Para 1615 había en la ciudad una efervescencia por construir edificios con mayor tamaño que los existentes hasta el momento.

Para el edificio de aulas solicitaron al Rey nuevos fondos para la construcción en 1628.

Por este lado, en donde eventualmente se construyó el atrio de la iglesia, comenzó la construcción del segundo templo.

[6]​ En 1765 se publicaron las reformas borbónicas de la corona española, que pretendían recuperar el poder real sobre las colonias y aumentar la recaudación fiscal.[7]​.

[8]​ Además de esta redistribución administrativa, la corona española estableció una política tendiente a disminuir el poder de la Iglesia católica,[8]​ poder que hasta ese momento era prácticamente absoluto sobre los vasallos españoles.

El edificio del Colegio de San Lucas quedó cerrado y en el de San Borja se sustituyeron los directores y maestros con eclesiásticos que no pertenecían a su doctrina.

El posible desmantelamiento de la Compañía encontró una férrea oposición por considerarse aun reparables sus estructuras.

[10]​ El nuevo gobierno laico establecido por lo liberales decretó que todas las posesiones de órdenes religiosas se destinaran a escuelas primarias y cátedras universitarias.

[12]​ Por diversas circunstancias la orden no pudo establecerse nuevamente hasta 1851, cuando ya Carrera estaba firme en el poder y dominaba la situación en Centroamérica.

[13]​ No solamente se destruyó completamente el pueblo de Parramos,[14]​ [15]​ sino que bandas de forajidos armados con cuchillos y otras armas punzocortantes intentaron asaltar a los damnificados y robarles lo poco que les quedaba; afortunadamente, las bandas fueron capturadas por la policía del gobierno del general Justo Rufino Barrios y ejecutadas sumariamente.

[13]​ Otro testigo indicó que el pueblo de San Miguel Dueñas quedó totalmente destruido, y quienes lograron sobrevivir salieron huyendo buscando áreas más seguras.