Tras ser revivido por la tripulación de la nave estelar USS Enterprise en 2267, Khan intenta capturar la nave, pero es vencido por el capitán James T. Kirk y exiliado en el planeta Ceti Alpha V, donde podría crear una nueva civilización con su pueblo genéticamente mejorado.
[nota 1] Conservados mediante criogénesis en animación suspendida, la tripulación del Botany Bay es descubierta por la nave de la flota estelar USS Enterprise en 2267.
Para coaccionar a la tripulación del Enterprise, Khan encierra al capitán Kirk en la cámara de descompresión y amenaza con asesinarlo si la nave no se rinde.
Khan logra escapar y desde la sección de ingeniería intenta que la nave se autodestruya, pero es vencido por Kirk.
Jurando vengarse de Kirk, Khan controla la voluntad de Chekov y Terrel usando parásitos que se implantan en sus cerebros, toma el control del Reliant y se dispone a capturar el dispositivo Génesis.
Kirk, con su nave parcialmente inoperante, engaña a Khan usando un código secreto para bajar de forma remota los escudos del Reliant y así poder atacarles, forzando la retirada del villano para reparar su nave.
Hikaru Sulu, al mando temporal del USS Enterprise, ordena a Khan rendirse o ser atacado con los nuevos torpedos.
Al confirmar con Kirk el número de torpedos, Khan se rinde inmediatamente.
Una vez bajo custodia, Khan revela su verdadera identidad y el engaño del almirante Marcus.
[15] Khan dirige deliberadamente al USS Vengeance hacia San Francisco y escapa ileso de la devastación producida por el choque.
[nota 5] El autor estadounidense Greg Cox ha escrito tres novelas de Star Trek en las que aparece Khan, publicadas bajo licencia por Pocket Books, pero cuyas historias no se consideran pertenecientes al canon de Star Trek.
[18] Esta última parte fue adaptada en forma de historieta con el título Khan: Ruling in Hell en 2010.
[19] En la primera novela se narra cómo un grupo de científicos especializados en ingeniería genética crean en algún lugar del Subcontinente Indio el «proyecto Crysalis» para crear seres humanos mejorados, de los cuales Khan sería el ejemplo más perfecto.
[29] En los episodios Borderland,[30] Cold Station 12[31] y The Augments,[32] un científico del siglo XXII, Arik Soong, revive varios embriones genéticamente mejorados procedentes de la era de Khan y crea así una nueva raza humana, denominada «intensificados» («augments»).
[33] El productor de la serie, Manny Coto, describió a estos niños como «mini Khan Noonien Singhs».
[35] El escritor y guionista británico James Swallow escribió un relato corto con una historia alternativa de Khan, titulado Seeds of Dissent, para la antología Myriad Universes: Infinity's Prism, publicada en 2008; en este, Khan, tras vencer en las guerras eugénicas y conquistar Estados Unidos, inaugura un imperio interestelar, se enfrenta a los romulanos y muere a la edad de 213 años.
[36] No obstante, logra trasplantar su memoria y personalidad a un ordenador, gobernando así su imperio eternamente.
[40] El propio nombre del personaje, Khan Noonien Singh, fue finalmente elegido por Gene Roddenberry como homenaje a uno de sus compañeros en la Segunda Guerra Mundial, Kim Noonien Singh, con la esperanza de volver a contactar con él.
En el episodio, Khan es presentado como un hombre agraciado: es elegante, sonriente, valiente y generoso.
[45] Bennett vio todos los episodios originales y escogió a Khan como posible villano de la película.
[46] Los primeros borradores del guion mostraban a Khan como el tirano en la sombra de un planeta en revolución.
Así, intenté hacerles parecer como si se hubieran vestido con las piezas de tapicería y equipamiento eléctrico que componían la nave».
[48] Se ha cuestionado en numerosas ocasiones si Montalbán llevaba alguna prótesis en el pecho durante la película, ya que su vestido estaba diseñado a propósito para mostrarlo.
[50] De hecho, Ricardo Montalbán recitó sus diálogos frente a una supervisor de guion, no frente a William Shatner: «tuve que decir mis palabras con la chica del guion que, como podrás imaginar, no sonaba como Bill [Shatner]».
[51] Khan cita y refleja al personaje del capitán Ahab de Moby-Dick en varias ocasiones durante la película,[nota 7] llevando su rencor hasta el extremo para hacer pagar a Kirk por el mal que le infligió,[48] un paralelismo que también ha sido reseñado en varias publicaciones literarias.
[56] Es mental y físicamente superior a cualquier ser humano, además de mostrar un raciocinio amoral.
[58] El productor de Star Trek, Rick Berman, llamó al villano «amenazante y memorable».
Así, para Abrams, Khan puede ser tanto justo como malvado, incluso si Kirk nunca lo exilia en Ceti Alpha V, puesto que, para el director, «ciertas personas están destinadas a cruzar sus caminos (...) y Khan está ahí fuera, incluso si no hace lo mismo».