Finalmente se inclinó por esta última opción, incorporándose al Ejército Argentino como soldado voluntario en 1898.
En 1902 -ya habiendo alcanzado el rango de Sargento- ingresó a la recientemente creada Escuela de Aspirantes a Oficiales, una institución que tenía por objetivo profesionalizar a todos los militares que cumpliesen servicio pero que no hubiesen pasado por las aulas del Colegio Militar de la Nación.
A raíz de ello en 1928, cuando Yrigoyen retornó al poder, el nuevo gobierno lo apartó del mando de tropas y lo envió a ocupar un puesto burocrático en el norte del país.
[1] En mayo de 1931, Uriburu fundó la Legión Cívica Argentina, cuyo jefe nominal era el doctor Floro Lavalle.
No obstante, desde sumismo nacimiento, la organización del movimiento estaba a cargo de los tenientes coroneles Emilio Kinkelín y Juan B. Molina.
Se trataba de una organización dedicada a organizar desfiles, disolver a golpes las movilizaciones de los partidos democráticos y los sindicatos, y preparar sus miembros para la toma completa del Estado nacional.
La Legión se declaró integrada por "hombres patriotas" que encarnaran "el espíritu de la revolución de septiembre y que estuvieran moral y materialmente dispuestos a cooperar en la reconstrucción institucional del país".
Los grupos ultraderechistas no proponían el saneamiento del sistema electoral, sino su completa eliminación, reemplazándolo por régimen autoritario, de partido único, o bien corporativista.
Molina, como jefe revolucionario, pensaba en designar como presidente a Carlos Ibarguren, para que dirigiera un gobierno de transición que allanase el camino al surgimiento del régimen corporativo.
Juan Sanguinetti que, recién llegado de la embajada argentina en Berlín, donde se había desempeñado como agregado militar, era también conocido por su identificación con el nacionalsocialismo -al que consideraba la única alternativa eficaz contra el comunismo-, e incluso con los postulados antisemitas del mismo.
[7] En las elecciones de septiembre de ese año algunas pequeñas agrupaciones políticas como el partido Defensa Provincial-Bandera Blanca le ofrecieron la candidatura a presidente, con el marino Carlos Daireaux, director del Círculo Naval, como vicepresidente.
De todos modos Molina no aceptó la candidatura y en su lugar apoyó a Diego Luis Molinari, candidato del Partido Radical que apenas obtuvo el 0,13% de los votos.
Los manifestantes exigían la incorporación del país al Eje y gritaron consignas, antiestadounidenses, antibritánicas, además de reclamar "¡Muerte a los judíos!
Por ese motivo en julio de 1941 creó al Consejo Superior del Nacionalismo, al cual adhirieron personalidades como Ramón Doll, Ricardo Font Ezcurra, Teótimo Otero Oliva, José María Rosa, Abelardo R. Rossi, Emilio Samyn Ducó, Carlos R. Ribero, David Uriburu, Marcelo de Lezica, Natalio Mascarello, Horacio Stegmann y Luis P. Varangot entre otros.
Sin embargo optaron por darle el puesto a alguien que no estuviese sindicado internacionalmente como un simpatizante del Eje, por lo que terminaron eligiendo a su amigo Pedro Pablo Ramírez.
Como consecuencia muchos oficiales fueron encarcelados, en tanto que otros -como Molina- fueron expulsados de las Fuerzas Armadas.