[1]​ Fue ministro de Guerra entre 1938 y 1940, nombrado por el presidente Roberto M. Ortiz.

En lo político, eliminó la influencia del más activo de los militares nacionalistas, el general Juan Bautista Molina, pasándolo definitivamente a retiro, y también alejó a otro nacionalista, Nicolás Accame; no obstante, la importancia de los nacionalistas entre los oficiales medios no disminuyó, y aumentaría significativamente tras el alejamiento de Márquez.

El escándalo golpeó al presidente, que defendió la honestidad de su gobierno; apenas sobreseídos, los ministros acusados presentaron sus renuncias.

El último en ser sobreseído fue el general Márquez, el 6 de septiembre, que inmediatamente presentó su renuncia.

[3]​ Desde entonces ocupó el cargo de Cuartelmaestre General del Ejército hasta su retiro militar en 1942.