Basado en su experiencia, el presidente Roque Sáenz Peña lo designó como ministro de Justicia e Instrucción Pública, cargo que ocupó hasta 1914.

En este papel se convirtió en un fuerte crítico del gobierno de Hipólito Yrigoyen.

Hasta este punto, Ibarguren había sido asociado al liberalismo, pero en la década de 1920 alteró su posición.

Pidió al dictador cambiar la democracia representativa por el corporativismo y este modelo económico llegó a dominar su pensamiento[cita requerida].

Pese a su identificación con el peronismo, no ocupó ningún cargo formal dentro de sus gobiernos, concentrándose en su actividad académica.