Como en otros centros universitarios, se formaron por los claustros unidades de voluntarios para combatir al invasor, encuadrándose Rodil en el Batallón Literario en 1808.
Se habían refugiado también en el Callao millares de civiles realistas que perecieron en gran número por hambre y enfermedad.
Rodil obtiene condiciones honrosas en la capitulación llevando consigo las banderas de sus regimientos que fueron las últimas en abandonar el Perú.
Durante la Primera Guerra Carlista fue nombrado general en jefe del Ejército del Norte y virrey de Navarra (en julio de 1834), enfrentándose a Zumalacárregui, que le derrotó y provocó su fulminante destitución, cuatro meses después.
Posteriormente tuvo varios destinos administrativos fuera del frente de batalla como capitán general.