Además es reconocido como un gran profesor de guitarra; entre sus alumnos se incluyen: Tom Morello, Alex Skolnick, Larry LaLonde, Andy Timmons, Reb Beach, Rick Hunolt, Charlie Hunter, Kirk Hammett y Steve Vai.
Satriani pasó de ser alumno a enseñar guitarra, siendo Steve Vai su pupilo más notable.
Cuando su amigo y antiguo alumno Steve Vai consiguió fama tocando para la agrupación de David Lee Roth en 1986, seguía mostrando gran admiración por Joe en muchas entrevistas.
De dicho álbum lograron radiodifusión las canciones "Satch Boogie" y "Surfin' With the Alien".
En 1989 lanzó el álbum Flying in a Blue Dream, al parecer inspirado en la reciente muerte de su padre, quien falleció en 1989 durante las grabaciones del disco.
Los conciertos fueron un éxito, por lo que se le ofreció a Joe ser un miembro permanente de la banda.
Satriani decidió rechazar la oferta, pues previamente había firmado un contrato con Sony Records para la grabación de varios álbumes más.
Otros guitarristas que han participado del proyecto son: Yngwie Malmsteen, John Petrucci, Kenny Wayne Shepherd, Robert Fripp, Andy Timmons, Uli Jon Roth, Michael Schenker, Adrian Legg, Paul Gilbert, Steve Morse y Steve Lukather.
Durante la década del 2000, Satriani grabó álbumes de manera constante, incluyendo Strange Beautiful Music en 2002 y Is There Love in Space?
En mayo de 2005, Satriani dio conciertos en la India por primera vez, dando recitales en Delhi, Kolkata y Mumbai.
El disco fue titulado Black Swans and Wormhole Wizards, y vio la luz en octubre de 2010.
Un libro llamado Strange Beautiful Music: A Memoir se lanzó para coincidir con la fecha de lanzamiento del box-set.
Compuso la mayor parte de la banda sonora del videojuego NASCAR 06: Total Team Control[12] y contribuyó con Sega Rally Championship, además de aportar la canción "Crowd Chant" en NHL 2K10[13] y Madden NFL 11.