[3]​ John Petrucci nació y se crio en el seno de una familia italo-estadounidense en Boston.

Aunque su hermana influyó en sus intereses musicales hasta cierto punto, Petrucci dice que empezó a tocar la guitarra eléctrica porque todos los muchachos del vecindario tocaban y le parecía algo divertido.

Prueba de esto, por ejemplo, es su incorporación en la gira G3 junto a Joe Satriani y Steve Vai, llegando a ser el guitarrista invitado que más veces ha participado en esta gira de guitarristas virtuosos.

Sin embargo, su máxima influencia, y la que él cita siempre como su guitarrista favorito cuando se le pregunta, es Steve Morse.

Escribe activamente en su casa con su «four track studio» (consola/grabadora de cuatro canales) y siempre lleva con él un secuenciador a todas sus giras.