Fue creado por el Papa Pío X y encomendado a la Compañía de Jesús, mediante su carta apostólica Vinea electa el 7 de mayo de 1909, en cumplimiento del objetivo primordial asignado a la Pontificia Comisión Bíblica en sus Reglamentos fundacionales.
En principio, como único centro oficial de enseñanza bíblica superior de la iglesia católica, el Instituto tuvo por función preparar para los distintos grados académicos en Sagradas Escrituras que confería la Comisión.
Y Pío XI, con su Motu proprio Quod maxime de 1928 extendió las atribuciones a la concesión del doctorado.
El Instituto mantiene una sede anexa en Jerusalén, que es conocida por el desarrollo de proyectos arqueológicos en la zona.
Entre los antiguos alumnos del Instituto se cuentan numerosos cardenales.