También se desempeñó como subsecretario de la Conferencia Episcopal Italiana.

Betori fue nombrado para reemplazar a Ennio Antonelli, quien había sido nombrado presidente del Consejo Pontificio para la Familia, como arzobispo de Florencia por el papa Benedicto XVI el 8 de septiembre de 2008.

Un hombre no identificado se enfrentó al arzobispo fuera de su oficina, disparó e hirió secretario del prelado, y agitó una pistola al arzobispo antes de escapar.

Paolo Brogi, secretario del arzobispo, estuvo, según informó, en estado satisfactorio después de la cirugía para reparar una herida abdominal.

El arzobispo Betori y testigos declararon que el pistolero le dijo algo cuando apuntó al prelado con su arma de fuego, pero no podía entender su intención.