[2] A principios del siglo XIV se reconstruye al mismo tiempo que la Iglesia de San Cernin, y se la dota de un claustro en el lado de la epístola sobre el que, posteriormente, se levantará la capilla dedicada a San Fermín ya en el siglo XVIII.
[3] En esta iglesia gótica ya existía una capilla dedicada a San Fermín.
La fachada anterior, de estilo barroco, y la torre medieval, que aún se había mantenido durante la primera mitad del siglo XIX, sufrieron el bombardeo del general Leopoldo O'Donnell desde la Ciudadela dirigido a la ciudad durante el pronunciamiento de 1841.
La torre se tuvo que rebajar un tercio[7] y la fachada, finalmente, fue desmontada en 1901 para levantar una nueva, la actual, firmada por el arquitecto Florencio de Ansoleaga.
[11] En 1906 el párroco, Marcelo Celayeta, encarga al arquitecto Ángel Goicoechea un rediseño interior que, durante dos años, conllevarán un nuevo altar y una transformación de la nave.
En el exterior se tapió la puerta de la calle Mayor y se habilitó la entrada por la calle San Francisco que supusieron notables obras en dependencias contiguas a la sacristía.