La virulencia del enfrentamiento acarreó la total destrucción de la Navarrería que durante casi 50 años permaneció desolada.

Se encontraba emplazada en una colina y coronada por la catedral de Santa María, ubicada donde estuvo el capitolio romano.

Esta nueva población la constituían mercaderes, artesanos y posaderos, en su mayoría de distintas regiones francesas (provenzales, gascones, lemosinos, poitevinos, normandos, etc.).

El de San Nicolás se situó al sur del primero.

Prohibió que en la nueva población entraran a vivir navarros, clérigos o infanzones.

[6]​ Terminadas las exequias, la viuda regente convocó a las Cortes en la Catedral de Pamplona para elegir al gobernador.

Blanca y sus cortesanos, franceses en su mayoría, preferían la tutoría por Felipe III de Francia.

El gobernador Sánchez de Monteagudo y la mayor parte de la nobleza aceptaron esta medida y permanecieron fieles al juramento prestado a sus soberanos, relegando el compromiso con Aragón.

Al salir la reina, los de la Navarrería tomaron el acuerdo de construir catapultas, muros, portales y otras fortificaciones frente a los burgos, incumpliendo todas las disposiciones y convirtiéndose en un baluarte antifrancés.

[11]​ El gobernador Pedro Sánchez de Monteagudo acudió a las poblaciones de Pamplona a explicar que el esfuerzo bélico debía concentrarse en la frontera castellana y prohibió montar aparatos bélicos sin autorización gubernativa y estos no debían amenazar a otros barrios, sino hacia el exterior.

El gobernador sí autorizó el 3 de mayo para que san Nicolás y San Cernin dispusieran de artefactos dirigidos hacia la ciudad rebelde, para una posible defensa.

Tras la queja de los mismos se realizó un arbitraje del obispo Armingot y el propio gobernador, decidiendo que debían ser devueltos.

El nuevo senescal reunió sus tropas en Toulouse, un séquito de caballeros y ballesteros, para dirigirse a Navarra.

Los burgos prometieron acatar la decisión, pero en la Navarrería, quizás por no contar con el obispo y su cabildo catedral, se topó con los canónigos de Santa María que consideraban que el gobernador no tenía competencia para dar órdenes en territorio bajo jurisdicción eclesiástica, y por tanto era un contrafuero.

Creyendo los de la Navarrería que acudía a cumplir con el desarme, se dio la voz de alarma y les atacaron con ballestas, lanzas y venablos, huyendo éstos del lugar.

No está clara la misma, pero parece que se buscaba que el gobernador se dirigiera a los territorios de Cameros y Vizcaya cuando Alfonso X les atacara, y entonces los navarros le matarían o le harían preso para expulsarlo.

En todo este periodo el obispo no cesó de repartir excomuniones a los burgueses.

Transcurrida la tregua, volvieron los encuentros con una sangrienta batalla campal, vivida en primera persona por el propio poeta Anelier, armado de escudo y lanza.

Hubo numerosos muertos, y los hospitales fueron insuficientes para atender a la gran cantidad de heridos.

Una parte de las huestes del ejército francés fueron a su encuentro y con gran esfuerzo y numerosas pérdidas lograron conquistar la cumbre, retrocediendo los castellanos hasta el valle de Ilzarbe.

El avance de los sitiadores por los terrenos adyacentes a la Navarrería se tuvo que hacer palmo a palmo, montando ingenios de guerra, arietes y catapultas, que los navarros los derribaban en salidas nocturnas.

A finales del mes de septiembre y ante la caída inminente de la ciudad, Almoravid celebró consejo con Ibáñez Baztán y otros caballeros, planeando darse a la fuga por la noche.

Al enterarse los vecinos de estos planes, cerraron los portales con barricadas y piedras.

Tras ello, los vecinos enviaron parlamentarios al gobernador para la rendición de la ciudad.

Los muros y las entradas quedaron abandonadas, pudiendo las tropas francesas invadir la ciudad sin encontrar ninguna resistencia.

Los apresados, unos fueron ahorcados o empalados y otros fueron llevados a las mazmorras del castillo de Tiebas.

El condestable temió una trampa, quedándose fuera mientras Beaumarchais entraba con una parte de las tropas en la localidad.

Poco después salieron dos mensajeros de la villa para rendirla al gobernador.

[23]​[24]​ En el barrio de la Navarrería no quedó ni un solo edificio en pie, salvo la catedral, aunque fue saqueada.

[25]​ Este terreno quedó despoblado y abandonado durante casi medio siglo.