Levantada en el mismo solar donde se instalara el antiguo convento de los agustinos calzados, del siglo XIV, su torre y fachada actual, reconstruida entre 1897-1900, le otorga una apariencia contemporánea debido al estilo neorrománico empleado que enmascara su antigüedad de estilo gótico tardío y renacentista.

[7]​ La iglesia perteneció a los agustinos calzados, que fundaron el convento de esta ciudad el año 1355 y que, de manera paulatina, obtuvieron el apoyo del rey Carlos II con donaciones para la obra (1381, 1385 y 1391), y Carlos III, 25 cahíces de trigo para una capellanía.

[8]​[9]​ Entre los sucesos ocurridos en dicho convento, voy a mencionar sólo el siguiente, por la calidad del personaje.

En 1758 dio Fernando VI un decreto por el que ordenaba que los santiaguistas debían cumplir con Pascua en la iglesia de San Agustín, con capas y mantos capitulares, o en comunidad con los demás caballeros.

[11]​ En el siglo XVIII consta como prior del convento fray Diego Tadeo González, poeta de la escuela salmantina y autor del poema «El murciélago alevoso».

Se mantuvo la celebración del culto en la iglesia aunque el convento fue vendido.

[9]​ Durante la tercera guerra carlista (1872-1876) se destinó la misma a almacén de provisiones del ejército isabelino, y hasta los carros entraban en ella como pudieran hacerlo en cualquier carretera.

La portada fue construida posteriormente, fruto de la restauración realizada desde 1887 a 1900, buscando mantener el estilo medieval.

Las capillas, al igual que la nave, están cubiertas por bóvedas de terceletes más sencillas.

[18]​ Se construyó el altar mayor por suscripción (como la torre y fachada), por los acreditados industriales de Pamplona Artieda y Arrieta, siendo inaugurado en la misa de Navidad del año 1915.

La Hermandad de la Pasión del Señor ha reformado su capilla, hoy de efecto sorprendente; se instaló también la calefacción en esta iglesia; y como éstas sería fácil enumerar otras reformas.

La nueva adquisición, instalada en el coro, hizo necesarias una serie de reformas.