La consecuencia directa de esta guerra civil fue la victoria del clan Minamoto y la consiguiente caída del Taira, lo que puso a los samuráis al mando político y militar de Japón, y permitió el establecimiento del primer shogunato en la historia japonesa, el Kamakura, encabezado por Minamoto no Yoritomo (1192).
Las Guerras Genpei comenzaron cuando Minamoto no Yorimasa, líder del clan, apoyó a un candidato diferente al de los Taira para el trono imperial.
La segunda etapa (septiembre de 1180), muerto Yorimasa, estuvo protagonizada por su sucesor, Minamoto no Yoritomo, y se extendió hasta mediados de 1181, cuando se proclamó un alto el fuego forzado por una hambruna en todo el país que duraba ya dos años.
Esto provocó un disgusto generalizado entre los opositores de los Taira, ya que prácticamente el Emperador era un descendiente directo del clan.
Pero el clan Taira venció en esta batalla y capturó a Yorimasa y al Príncipe Mochihito; Yorimasa, al ser derrotado prefirió cometer el seppuku, un ritual donde escribiría una última poesía y luego se suicidaría, dando inicio a una práctica que sería una forma honorable de morir hasta la Segunda Guerra Mundial; Mochihito sería ejecutado después por el clan Taira.
A partir de este punto los Taira habían sofocado casi en su totalidad la rebelión, no obstante el liderazgo del clan Minamoto había sido restablecido por Minamoto no Yoritomo en septiembre, quien habiendo llegado a su edad adulta, escapó del exilio y pudo reorganizar la rebelión con el apoyo del clan Miura, tratando de vengar a los Taira en la muerte de su padre y hermanos mayores, muertos veinte años atrás y por los sucesos en Uji y Nara; así Yoritomo lanzó una nueva declaración de guerra contra los Taira.
Su hijo, Taira no Munemori, se convertiría en el nuevo líder del clan; esta situación fue aprovechada por los Minamoto para plantear una batalla sorpresa contra el hermano del nuevo líder, Taira no Tomomori.
No obstante, en la escaramuza los Taira pudieron repeler el ataque, aun cuando la batalla de Sunomata se realizó en la noche.
Sin embargo, Tomomori se encontraba enfermo y decidió no seguir persiguiendo al ejército de Yukiie.
Así, en septiembre, Yoritomo sugirió que el país debería ser dividido en dos regiones, una dominada por los Taira y otro por los Minamoto; la Corte Imperial vio con algo de agrado la idea, pero el clan Taira se negó rotundamente.
Adicionalmente Minamoto no Yoshinaka, primo de Yoritomo y quien sufrió su misma suerte, siendo adoptado por el clan Kiso (también Yoshinaka fue conocido con el apellido Kiso), aprovechó la tensa calma para luchar contra los Taira en la región norte, dominando las provincias de Shinano y Musashi.
Esto originó una serie de fricciones entre Yoritomo y Yoshinaka, en la que el primero respetaría los dominios del segundo, a cambio que Yoshinaka aceptara el liderazgo de Yoritomo dentro del clan.
Adicionalmente para este año las provisiones de alimentos estaban aumentando y superaban la hambruna que habría provocado un forzado cese al fuego.
Esta batalla fue desarrollada de manera muy formal y poética, descrita así en el Heike Monogatari.
Fue otra victoria para Yoshinaka, quien aspiraba llegar a Kioto y tomar el control del poder político en Japón.
En el sitio combatieron nobles de la Corte Imperial, varios sōhei de los templos de Mii-dera y Enryakū-ji, y varios simpatizantes del clan Taira, pero no pudieron detener a Yoshinaka quien habiendo dominado y saqueado la ciudad forzó al Emperador a que le diera el título de sei-i taishōgun, otorgado originalmente a los comandantes militares que lucharon contra los Emishi, una antigua tribu que se negaba a la autoridad imperial japonesa a finales del siglo VIII y comienzos del siglo IX.
Con esta investidura, Yoshinaka decidió salir de Kioto, llevándose al Emperador como rehén.
Dado que la facción de Yoshitsune los superaba en número, Yoshinaka falleció en el combate, y casi todos sus miembros fueron asesinados o cometieron seppuku.
El ataque sorpresa hizo que la mayoría de los Taira huyeran en barcos en dirección a la isla de Yashima, no obstante Tadanori murió en el ataque y Shigehira fue capturado y enviado ante los monjes del templo de Tōdai-ji, el templo que Shigehira mandó a quemar en 1180, y fue decapitado por los monjes.
En octubre, Yoritomo ordenó a su hermano Noriyori que protegiera la región de Chūgoku y poco después llegó a la isla de Kyushu al extremo oeste, donde estuvo por varios meses.
Al llegar a la fortaleza, Yoshitsune aplicó una estrategia para engañar a los Taira, levantando hogueras en la costa y aparentando un mayor número de hombres, mientras una fuerza expedicionaria estaba movilizándose desde tierra, ya que el clan Taira esperaba una batalla naval.
Los miembros del clan Taira no tuvieron más remedio que huir de su base junto con el Emperador Antoku y la Regalía Imperial.
El clan Taira, al haber perdido su base central, decidió movilizar y concentrar todos sus miembros al extremo oeste del país, en el estrecho de Shimonoseki, entre las islas de Honshu y Kyushu.
Poco después se plantearían combates individuales con flechas y espadas entre ambos bandos; el clan Taira estaba haciendo retroceder las fuerzas de Yoshitsune.
En esta escaramuza también el Emperador Antoku y su abuela, que era la viuda de Taira no Kiyomori, decidieron suicidarse llevándose consigo la Regalía Imperial al mar.
No obstante las joyas fueron tomadas antes de ser lanzadas, y el espejo, que sí consiguieron arrojar, se recuperó poco después; la espada fue el único objeto de la Regalía que se perdió.
Con esta acción finalizaron las encarnizadas Guerras Genpei, que se habían librado de forma ininterrumpida desde hacía cinco años.
A pesar de que Yoritomo se erigió como shōgun, el poder del clan Minamoto en la política japonesa desapareció con su muerte en 1199.
Fue uno de los cuatro clanes más importantes que dominaron en la política japonesa durante la era Heian.
Al final de la guerra, sin embargo, se produjo la destrucción del clan Taira.