El Kondō, o Sala Principal, alberga un manantial de agua sagrada en la actualidad.

El zasu (abad) del Enryaku-ji formó en 970 el primer ejército permanente reclutado por un grupo religioso.

Los sōhei del Enryaku-ji quemaron hasta sus cimientos el Mii-dera cuatro veces tan solo en el siglo XI.

Con todo, hubo ocasiones en las que los dos templos se unieron contra un enemigo común, entre ellas un ataque al Kōfuku-ji en Nara en 1081 (como venganza por el incendio del Mii-dera causado por monjes del Kōfuku-ji ese mismo año), así como un ataque conjunto contra Nara una vez más en el año 1117.

Las familias Taira y Minamoto apoyaban a diferentes pretendientes al Trono del Crisantemo.

A medida que los templos recuperaron su fuerza, las rivalidades reaparecieron, so boem poca o ninguna violencia ocurrió realmente el entre Mii-dera y el Enryaku-ji.

Un año después estalló otra batalla, debido a comentarios hechos por el abad del templo Nanzen-ji.

Los monjes de Mii-dera, junto con sus aliados, derrotaron una vez más a las tropas del shogun.

Después de estos ataques, se les concedió finalmente un indulto a los monjes del monte Hiei y reconstruyeron sus templos una vez más.

El Mii-dera también tiene una Kannon-do, construida en 1072, una sala dedicado a Kannon, Bodhisattva de la Compasión.