Solo tuvo éxito el monje zen Mukan Fumon (1212-1291), que mediante el silencio y la meditación devolvió la paz al lugar.

Este mismo emperador unos años más tarde (1334) asciende a Nanzen-ji al primer rango en la jerarquía del sistema Gozan de templos Rinzai.

[6]​ El recinto ha sido destruido totalmente o en alguna de sus partes por varios incendios a lo largo del período Muromachi (en 1393, en 1447 y durante las guerras Ōnin en 1467).

En este sentido, se ha sugerido que la galería superior de la gran puerta Sanmon del templo servía, entre otros usos, como observatorio para estos propósitos.

En 1611 entró a formar parte de las propiedades del templo el Seiryo-den, originalmente un edificio de la corte imperial donado al templo por el Emperador Go-Yōzei[8]​ que se convirtió en las dependencias del abad.

El jardín está considerado como uno de los ejemplos más importantes del estilo karesansui.

Pequeño subtemplo dedicado al abad fundador de Nanzen-ji, Mukan Fumon.

El edificio tiene un salón principal, una puerta y un estudio que datan de principios del siglo XVII.