El Gran Premio de Malasia de Motociclismo de 2000 fue la segunda prueba del Campeonato del Mundo de Motociclismo de 2000.
Tuvo lugar en el fin de semana del 31 de marzo al 2 de abril de 2000 en el Circuito Internacional de Sepang, situado en Sepang, Selangor, Malasia.
La carrera de 500cc fue ganada por Kenny Roberts, Jr., seguido de Carlos Checa y Garry McCoy.
Shinya Nakano ganó la prueba de 250cc, por delante de Olivier Jacque y Daijiro Kato.
La carrera de 125cc fue ganada por Roberto Locatelli, Youichi Ui fue segundo y Mirko Giansanti tercero.