Tras su desaparición Fernández Meijide recurrió a variadas autoridades para saber sobre el paradero de su hijo, y al no recibir respuesta por parte de las mismas, se acercó a la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos (APDH), en la cual luego pidió ser colaboradora.
Fernández Meijide integra la Mesa de Discusión sobre Derechos Humanos, Democracia y Sociedad.
Se postuló a Diputada Nacional por la Ciudad de Buenos Aires en 1991, sin obtener banca.
En las elecciones de 1993, repitió su candidatura junto a Carlos Álvarez y obtuvo un escaño.
En una resonante victoria, obtuvo el primer lugar en la elección, sobrepujando a la candidata justicialista Hilda González de Duhalde.
Perdió esta elección frente al justicialismo, cuyo candidato era Carlos Ruckauf, aunque la Alianza triunfó en las nacionales.
Fernández Meijide fue acusada por diversos sectores, como la Iglesia, por retrasos en la ejecución de los planes sociales.
[12] Tonietto había beneficiado a su esposa, Juana Castagnola (hermana de Fernández Meijide) al aprobar una recategorización para los dos hogares de discapacitados que pertenecían a su esposa, lo que le permitió aumentar su facturación un 25 por ciento.
[17] Fernández Meijide aseguró que Tonietto había sido designado personalmente por el presidente.
[24] En 2014, al presentar su documental, afirmó que «bajar el cuadro de Jorge Rafael Videla no tuvo ningún valor».
[25] En 2015 protagonizó junto al exmilitante de la organización Montoneros Héctor Leis en la película El diálogo, dirigida por Pablo Racioppi y Carolina Azzi.
También opina que Montoneros cometió crímenes de lesa humanidad al reclutar a menores para la guerra.
Paz Bustamante opinó que se trata «de una película importante al momento de pensar la relación entre el festival y la política del Pro...Fue realizada con el apoyo del gobierno de la ciudad no sólo monetario ya que funcionarios macristas estuvieron presentes en las proyecciones realizadas en el Village Recoleta, y la promocionaron en las redes sociales»; según Elizabeth Yang, en una nota publicada en el diario La izquierda, vinculado al Partido de los Trabajadores Socialistas, en la presentación dijeron: «En Argentina todos somos Videla» (frase que retoma una expresión de Héctor Leis en el film, con la que subraya la común voluntad de los protagonistas del pasado de no relatar todo lo que saben ni asumir responsabilidades), «No hay dos demonios, hay uno con varias cabezas» y opinó que el documental y también el libro homónimo plantean que en los 70 no hubo ni víctimas ni victimarios.
[29] En 2017, respecto a la muerte de Santiago Maldonado, investigada como desaparición forzada, Fernández Meijide reivindicó al gobierno y el accionar de gendarmería y salió en este caso a defender a su excompañera de Gabinete, Patricia Bullrich diciendo que «está haciendo lo que hay que hacer».
Según esa junta, la causa de muerte fue "ahogamiento por sumersión en las aguas del rio Chubut, coayudado por hipotermia".