Durante la última dictadura cívico-militar argentina denunció la desaparición de personas y recibió presiones del jefe de Policía, el coronel Arias Duvall.

Trabajó en el periodismo gráfico, la televisión y la radio, desde simple cronista en sus comienzos hasta conductora y editora de su programa de radio.

[14]​ Entre 1996 y 1997 condujo el programa Dos en la noticia junto a Joaquín Morales Solá por Canal 9.

En 2014 volvió a Radio Mitre con una sección diaria en el programa de Jorge Lanata, Lanata sin filtro en una sección especial denominada Dos periodistas: Ella y Él.

[26]​[27]​ En 2010, Hebe de Bonafini cuestionó el rol de algunos periodistas durante la dictadura y la incluyó a Magdalena en un acto llamado «juicio ético y político a los medios durante la dictadura», por reportajes como los que Magdalena Ruiz Guiñazú hizo a Videla, en 1977, cuando cubrió un viaje que el dictador hizo a Estados Unidos.

Allí, le dice “justamente usted mencionaba hace un ratito, la forma distorsionada en que en el exterior se presenta nuestra realidad” y le pregunta si tiene planeado viajar en persona "a donde el mundo necesite que la Argentina esté presente", criticando la supuesta campaña antiargentina.

[cita requerida] Tras el cuestionamiento de Bonafini, Ruiz Guiñazú le inició un proceso judicial en su contra, pidiendo una retractación por haber dicho que ella había apoyado a Videla ya que consideraba que la agraviaban en "su buen nombre y honor".

Ruiz Guiñazú entonces aportó una URL inexistente donde, según ella, podía comprobarse la presencia de la firma y la foto de Sabato en el Nunca más, pero la misma no llevaba a ningún lado.

[38]​[39]​ En 2012, Robert Cox, periodista británico que se desempeñó como editor del periódico Buenos Aires Herald y se destacó por denunciar los delitos de lesa humanidad que la dictadura cívico-militar cometió durante esa misma época, calificó de «un asco» las acusaciones que desde algunos sectores del kirchnerismo se lanzaron contra distintos periodistas, que incluían a Guiñazú, Héctor Magnetto y Jorge Fontevecchia, y dijo que quienes las realizaron estaban "llenos de maldad y malicia o totalmente desinformados de algunos periodistas en el tiempo [de la última dictadura militar]".

[8]​[41]​[14]​[43]​ Más tarde formó pareja con el abogado y empresario Sergio Dellacha, con quien convivió durante 27 años, hasta la muerte de este en 2006.

[46]​[47]​ Ganó tres Premios Konex a la comunicación y el periodismo y como conductora, incluyendo el Premio Konex de Brillante a la figura más representativa del periodismo argentina durante la década 1997-2006.

[48]​[49]​ En 2022 fue homenajeada junto a otras catorce profesionales de los medios,[50]​ por parte del colectivo Periodistas Argentinas, en tanto referente e inspiradora.