Debido a las necesidades militares del momento, los ocupantes romanos fundaron la originaria Gerona, denominada, en aquellos momentos, Gerunda, cuya etimología no se ha aclarado podría, quizá, fuera "entre el Undarios", nombre que, en lengua íbera, recibía el río Oñar.
No seguía las distribuciones hipodámicas estándar, ni las centurizaciones habituales de las urbes romanas.
Puesto que se levantaba sobre la Vía Augusta por motivos estrictamente militares, su construcción era totalmente irregular.
Pese a todo se pueden distinguir las partes básicas de la ciudad romana: el cardo maximus, el forum.
Esta se construyó en dos fases: la primera se edificó al fundar la ciudad, y la segunda a finales del siglo III d. C. Las diferencias morfológicas permiten identificarlas fácilmente dada la utilización de piedras de composición y formas diferentes.
La segunda fase se construyó con motivo de las necesidades defensivas que las incursiones germánicas llevadas a cabo en Hispania provocaban.
El sistema para obtener una ciudadanía plena era el cursus honorum, la carrera política o pública.
San Félix se convirtió en el primero y único mártir de la ciudad y santo primigenio hasta que fue desplazado por el apócrifo san Narciso, de tradición importada en la época alta medieval.
Asimismo están documentadas la existencia de un palacio episcopal y una basílica, pese a que no se haya podido encontrar su emplazamiento.
Gerona continuó existiendo, y conservó el obispado unido a la sede metropolitana de Tarragona.
Los cambios fueron más notorios en el campo, se observaron algunos movimientos bruscos de población que, en algunos casos, podían ser considerados como regresiones en relación con el período romano.
Esta sustitución del poder político y militar no afectó la existencia de la ciudad tanto como afectó a otras antiguas ciudades romanas que quedaron abandonadas o en franca decadencia.
La difusión de la moneda gerundense fue muy extensa y se han encontrado muestras por toda la península.
El historiador catalán Ramón Abadal i Vinyals lo considera como el inicio de un proceso que condujo al nacimiento de la Cataluña posterior, lo cual viene a demostrar la importancia que Gerona tuvo a lo largo del tiempo.
Durante mucho tiempo se creyó que la conquista franca fue cuestión personal del emperador Carlomagno.
Aunque el emperador franco jamás visitó Gerona, su administración, sostenida por la renovación carolingia, afectó profundamente a la ciudad.
Gerona, como sede condal, cumplió holgadamente con su papel y superó las etapas más difíciles del peligro musulmán.
El antiguo recinto romano fue reestructurado y ampliado consiguiendo resistir los sucesivos asaltos.
A finales del siglo XIII, Felipe II el Atrevido asaltó la ciudad.