Ante el inminente cerco, el gobernador publicó un breve bando: El general francés le envió un parlamentario indicándole que se rindiera, al que Álvarez respondió que, no queriendo tratos con los enemigos de su patria, recibiría a cañonazos a cuantos parlamentarios le enviasen.

[cita requerida] El sitio de Gerona duró siete meses.

A pesar del hambre y de las enfermedades que diezmaban la población, siguió rechazando todas las ofertas de capitulación, hasta que en diciembre, agotado físicamente y enfermo, entregó el mando al brigadier Juan Bolívar.

Una vez preso en San Fernando, los franceses impedían dormir a Álvarez de Castro.

La tradición francesa cuenta que si una persona enferma cierra los ojos nunca los vuelve a abrir, y a fin de evitar su muerte, los franceses dejaban caer gotas de agua sobre su frente como Tortura y con agujas le pinchaban entre la uña y la carne de los dedos para mantenerlo despierto.