Fue capturado, juzgado y ejecutado por órdenes del virrey Francisco de Toledo.
Los españoles, quienes todavía no estaban advertidos de la muerte del anterior Uari inca, enviaron rutinariamente dos embajadores para continuar con las negociaciones en curso.
Entre sus generales figuraban Hualpa Yupanqui, Parinango, Curi Paucar y Coya Topa.
Los incas atacaron primero con mucho espíritu a pesar de estar solo ligeramente armados, pero los españoles y sus aliados indígenas lograron resistirlos; según Martín García Óñez de Loyola, los españoles llegaron a estar en un momento crítico a punto de ser arrollados por los guerreros incas, pero súbitamente estos abandonaron el combate tras ser arcabuceados y muertos sus generales Maras Inga y Parinango.
Los restos del ejército inca, ahora en retirada, optaron por abandonar Vilcabamba, su última ciudad, y dirigirse a la selva para reagruparse.
Grupos de soldados españoles y sus indios auxiliares fueron enviados para cazarlos trenzándose en sangrientas escaramuzas con la escolta del inca.
El tercero regresó también; lo hizo con dos hermanos de Túpac Amaru, otros parientes y sus generales.
A continuación, un grupo de cuarenta soldados elegidos personalmente salieron en persecución del inca.
[cita requerida] Encontraron al uari inca Túpac Amaru y a su mujer calentándose entre sí.
Frente a la catedral, en la plaza central de Cuzco, un patíbulo había sido erigido.
Mientras lo hacía, se dice en las fuentes que Refiere Garcilaso que el Inca alzó el brazo derecho con la mano abierta y la puso en el oído, y de allí la bajó poco a poco hasta ponerla sobre el muslo derecho.
Con lo cual los presentes cesaron su grito y vocería, quedando con tanto silencio que «parecía no haber ánima nacida en toda aquella ciudad».
El verdugo, que era un cañari, preparó el alfanje y Túpac Amaru puso la cabeza en el degolladero «con estoicismo andino».
Dos siglos después, en 1780, su tataranieto, José Gabriel Condorcanqui (Túpac Amaru II), asumiría el título de Inca y lideraría un levantamiento indígena que iniciaría el proceso de emancipación contra la presencia española en América.