El matrimonio fue infeliz, con Federica Amalia a menudo atormentada por los frecuentes desacuerdos entre su hermano, Cristián V de Dinamarca, y su esposo.
Fue según se informa, maltratada por Cristián Alberto, mientras que la familia real danesa le dio todo tipo de privilegios personales y pruebas de afecto.
Sus visitas a Suecia inspiraron grandes fiestas y celebraciones en el modo estricto de la corte sueca, y fueron muy apreciadas.
Como sus hijos también eran anti-danés, el conflicto entre Dinamarca y Holstein-Gottorp continuó, poniéndola en una situación difícil también como una viuda, y cuando ella murió en su residencia en Kiel en 1704, un conflicto entre Holstein-Gottorp y Dinamarca se limitó a la forma correcta de tocar las campanas en su funeral, lo que casi provocó la guerra entre los dos estados.
Con Cristián Alberto de Holstein-Gottorp, tuvo cuatro hijos:[2]