[1]​[2]​[3]​ Fue fundada en 936 por iniciativa de santa Matilde, la viuda del rey Enrique I el Pajarero, como su memorial.

[4]​ Durante muchos siglos, ella y sus abadesas gozaron de gran prestigio e influencia.

[10]​ Los obispos de Halberstadt estaban constantemente en disputa con las abadesas, ya que afirmaban tener jurisdicción espiritual sobre la abadía en virtud del sometimiento de las mujeres a los hombres.

Entre 1807 y 1813 perteneció al efímero estado títere francés del Reino de Westfalia.

Todos los desbroces posteriores (es decir, de tierras anteriormente no cultivadas) en la inmediata vecindad también fueron suyas, pero además adquirieron posesiones mucho más distantes, como Soltau, a 170 kilómetros de distancia, donada por Otón I en 936.

Entre otras propiedades, la abadía también recibió lo siguiente: La abadía también recibió numerosos obsequios de libros preciosos, manuscritos y artículos litúrgicos, que se almacenaron en el tesoro.

Los artículos robados reaparecieron en 1987 y después de muchos litigios fueron devueltos a la iglesia en 1993.

La abadía también es conocida como el hogar de los Anales de Quedlinburg (en latín: Saxonicae Annales Quedlinburgenses; en alemán: Quedlinburger Annalen), comenzados en 1008 y terminados en 1030 en la abadía, muy posiblemente por una mujer escritora.

Los Annales se ocupan principalmente de la historia del Sacro Imperio Romano.

El edificio fue reconstruido en su forma anterior, y fue rededicado en 1129 en presencia de Lotario III.

El púlpito también se agregó en ese momento y la cripta recibió un nuevo frente.