Así el Brasil pasó a tener dos unidades administrativas: Estado del Maranhão, con capital en São Luís, y el Estado del Brasil, cuya capital era Salvador de Bahía.
Fundaron Nazaré y estuvieron en lucha constante con los indígenas hasta que en 1538 abandonaron la empresa.
De esta manera Brasil pasó a tener dos unidades administrativas: Estado del Maranhão (con capital en São Luís) y Estado del Brasil, este último con capital en Salvador de Bahía.
São Luís estuvo bajo el control holandés en el período de 1641 al 1644, durante la guerra luso-neerlandesa.
En 1821 los habitantes de Manaus se proclamaron independientes estableciendo un gobierno provisorio, pero la región terminó incorporada al Imperio de Brasil en la provincia del Gran Pará, como comarca del Alto Amazonas en 1824.